Age of Wonders III, comme les précédents jeux de la série, est un jeu de stratégie au tour par tour qui se déroule dans un univers de haute fantaisie où le joueur joue le rôle d'un chef politico-militaire. Le gameplay est basé sur le 4X (explorer, étendre, exploiter et exterminer) où les joueurs explorent la carte du monde, construisant lentement un empire par la colonisation, la guerre et la diplomatie avec les puissances rivales. Les joueurs doivent d'abord choisir et personnaliser leur chef, toutes les options dépendant du style de jeu choisi par le joueur. Six races sont disponibles dans la version initiale : les humains, les draconiens, les hauts elfes, les nains, les orcs et les gobelins, qui détermineront la race de leur empire, chacune disposant d'avantages et de capacités uniques. Le chef et l'empire sont également façonnés par le choix d'ensembles de compétences basés sur les classes traditionnelles des jeux de rôle, ainsi que par d'autres spécialisations et compétences à sélectionner. Chaque classe de leader a également accès à ses propres unités, avec une apparence visuelle distincte basée sur la race correspondante, chacune permettant une approche unique de la stratégie, à la fois en combat et dans la gestion de l'empire. À l'heure actuelle, les chefs peuvent appartenir à six classes différentes. La classe "Sorcier" met l'accent sur l'utilisation de la magie pour les enchantements et l'invocation d'unités puissantes. Le "Théocrate" est issu d'une société religieuse organisée, avec des adeptes zélés et l'utilisation de sorts et de guerriers sacrés. Le "Rogue" privilégie des approches moins directes des situations, employant la furtivité, le vol et la manipulation ainsi que la magie noire dans la diplomatie et la guerre. L'"Archdruide" canalise le pouvoir de la nature et l'utilise à son avantage en étant très autonome et en pouvant faire appel à des créatures sauvages. Le "Dreadnaught" dirige une société de style steampunk, utilisant de grandes industries, des machines et des unités à base de poudre à canon et de chars d'assaut. Enfin, le "Seigneur de guerre" se spécialise dans les conflits directs et les tactiques de combat, en utilisant des unités et des capacités non magiques efficaces.
Les chefs eux-mêmes et les unités de héros recrutables pourront acquérir de l'expérience et monter en niveau, tout en obtenant de nouveaux équipements et pouvoirs. Les joueurs peuvent également développer leur alignement entre le bien et le mal en fonction de leurs actions et des cultures qu'ils absorbent dans leur empire, plutôt que de la race comme dans les précédents jeux de la série.
Les villes elles-mêmes fournissent une grande partie des ressources et des infrastructures et accueillent le recrutement des unités. Les villes indépendantes et les unités qui ne sont pas immédiatement alignées sur un joueur ou un chef sont également présentes sur la carte du monde. Les unités qui viennent d'une ville non affiliée se battront pour protéger le domaine d'une ville et n'oublieront pas qu'elles y sont liées. Beaucoup de ces colonies indépendantes ne sont pas des villes au sens traditionnel du terme, mais peuvent être des colonies alternatives, comme un "donjon de géant" par exemple. Le joueur peut conquérir ces colonies, qui lui fourniront des unités comme une ville, ou il peut les absorber par des moyens diplomatiques en payant un tribut et en acquérant un statut diplomatique et/ou d'alignement. Des quêtes peuvent également être confiées aux joueurs par des forces indépendantes et des villes, y compris, mais sans s'y limiter, l'élimination d'unités sauvages, la recherche de reliques et même la conquête de villes et d'autres possessions. Les quêtes peuvent accorder au joueur le soutien de forces indépendantes en plus d'une récompense telle que de l'or ou de l'équipement, parfois avec le choix de l'un ou l'autre à l'issue de la quête.
Comme dans le premier jeu de la série, Age of Wonders III propose une campagne scénarisée jouable depuis deux camps, l'Empire du Commonwealth centré sur les humains et la Cour des Hauts Elfes. En plus de la campagne, des scénarios solo, un mode multijoueur en ligne, une génération aléatoire de cartes et un éditeur de cartes sont également disponibles. Les graphismes d'Age of Wonders III seront présentés en 3D au lieu de la vue isométrique que la série a utilisée jusqu'à présent.
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